לכנסים אקדמיים יצא מוניטין מוצדק למדי כאירועים משעממים לרוב. אולם כאשר הם מכוונים ומאורגנים כראוי, כנסים אקדמיים יכולים להיות אחד המכשירים היעילים ביותר להעלאה, גיבוש והפצה של רעיונות חשובים. במהלך העשור האחרון קידמו אנשי מכון הרצל כנסים בינלאומיים, בהם השתתפו מאות חוקרים וסטודנטים מישראטל ומהעולם, בשלושה תחומים:
תיאולוגיה פילוסופית יהודית
“חקירות פילוסופיות של המקרא, התלמוד והמדרש, IV”
ירושלים, יולי 2013
“חקירות פילוסופיות של המקרא, התלמוד והמדרש, III”
ירושלים, יולי 2012
“חקירות פילוסופיות של המקרא, התלמוד והמדרש, II”
ירושלים, יוני 2011
“מקרא ופילוסופיה: חושבים מחדש על היסודות”
ירושלים, אוקטובר 2009
הבראיזם פוליטי
“הבראיזם פוליטי: מקורות יהודיים בתולדות ההגות המערבית III”
פרינסטון (ארה”ב), ספטמבר 2008
“הבראיזם פוליטי: מקורות יהודיים בתולדות ההגות המערבית II”
ירושלים, דצמבר 2006
“הבראיזם פוליטי: מקורות יהודיים במחשבה המדינית המודרנית המוקדמת ”
ירושלים, אוגוסט 2004
טבע האדם נפש האדם
“פסיכו אונטולוגיה”
ירושלים, דצמבר 2011
“מורשת חקר טבע האדם בפילוסופיה האנגלו-סקוטית”
ירושלים, דצמבר 2009
